Según reporte oficial del IDSN, 2l 16 de enero de 2021, en el Departamento de Nariño se totalizan 39.576 casos positivos para Covid-19, y 1.144 muertes desde el comienzo de la pandemia.
Estos son los 10 municipios con mayor número de casos positivos de covid-19, por cada 100 habitantes.
Municipio Población Casos Por cada 100
| Pasto | 460.638 | 22.710 | 4,93 |
| La Cruz | 18.220 | 654 | 3,59 |
| La Unión | 26.078 | 934 | 3,58 |
| Colón | 8.316 | 249 | 2,99 |
| San Pablo | 14.932 | 434 | 2,91 |
| Belén | 6.301 | 166 | 2,63 |
| Ipiales | 155.221 | 3.604 | 2,32 |
| El Tambo | 12.457 | 265 | 2,13 |
| Tangua | 13.321 | 281 | 2,11 |
| Túquerres | 40.074 | 767 | 1,91 |
De cada cien habitantes en la capital del departamento, casi cinco se han contagiado. Luego están cinco municipios del norte de Nariño, donde el promedio ya llega a 3 personas por cada cien. Ipiales ocupa el 7 lugar y Túquerres el 10 entre los 64 municipios de Nariño.
Los municipios que menor cantidad de casos positivos presentan, teniendo en cuenta la población, son:
| Leiva | 13.849 | 65 | 0,47 |
| San Lorenzo | 19.849 | 91 | 0,46 |
| Ricaurte | 20.057 | 89 | 0,44 |
| Mosquera | 16.769 | 66 | 0,39 |
| Potosí | 12.137 | 47 | 0,39 |
| Samaniego | 49.545 | 183 | 0,37 |
| Francisco Pizarro | 17.489 | 52 | 0,30 |
| Olaya Herrera | 33.196 | 89 | 0,27 |
| Roberto Payán | 26.198 | 66 | 0,25 |
| Providencia | 13.256 | 23 | 0,17 |
